Fin dall'epoca longobarda il territorio era inserito nei possedimenti dell'abbazia di San Colombano di Bobbio (PC) attraverso il controllo dell'Abbazia di Santa Giustina di Sezzè (Sezzadio) e che dipendeva quindi in ultima istanza dalla Santa Sede, assieme ai tanti possedimenti, il territorio era inserito nel grande feudo reale ed imperiale monastico.

 

Seguirono le invasioni da parte dei barbari che portarono alla divisione del borgo in due distinti centri: un borgo nella zona costiera e un altro insediamento alle prime pendici collinari.

 

Nell'Alto Medioevo diventò parte integrante del Comitato di Vado, poi nel Marchesato di Savona e infine nel proprio marchesato guidato dal discendente aleramico Guelfo d'Albisola nel 1122. È da questo periodo storico che iniziò a svilupparsi il commercio, l'attività agricola, la pesca e l'industria della ceramica.

 

È datata sul finire del XII secolo o agli inizi del XIII secolo la fondazione di un unico comune di Albisola che, assieme ai borghi vicini, fu soggetto al dominio di Genova dal 1251 dopo un lungo periodo che vide Savona e Genova in contrasto per il controllo del territorio albissolese. E fu proprio l'8 maggio del 1343 che i tre comuni di Albisola, Celle Ligure e Varazze giurarono la loro completa devozione genovese.

 

Possedimento della Repubblica di Genova, il vasto territorio ad est di Savona fu inglobato in un'apposita podesteria, con Varazze quale sede del podestà (quest'ultimo nominato dal capoluogo ligure), ma dotando i tre principali centri di autonomi statuti (stipulati nel 1389) e gestione in loco dei pubblici introiti. Una parte della zona costiera di Albissola rimase, tuttavia, nei confini savonesi fino al 1533.

 

Al 1616 è databile la storica separazione dei due borghi albissolesi nelle due distinte e odierne municipalità; le due comunità scelsero le rive del torrente Sansobbia come "linea di confine naturale". Tale separazione fu però preceduta quasi vent'anni prima dalla locale comunità ecclesiastica che già nel 1598 smembrò dall'unica parrocchia di San Nicolò di Albisola Superiore il priorato di San Benedetto di Colonega di Albissola Marina, gia dipendenza dell'Abbazia di Santa Giustina di Sezzè (Sezzadio) (AL), dove poco dopo avvenne l'istituzione dell'odierna comunità parrocchiale di Nostra Signora della Concordia. Le ultime unioni albissolesi a "cadere" furono le proprietà dei boschi comunali, separati tra i due comuni solamente nel 1855 dopo 239 anni dalla prima e storica divisione. Come la vicina Albisola Superiore, anche il centro di "Marina" fu meta di soggiorno e residenza delle nobili famiglie genovesi come i Durazzo, i Gentile e i De Mari che qui costruirono ville signorili.

 

Con la caduta della Repubblica di Genova (1797), sull'onda della rivoluzione francese e a seguito della prima campagna d'Italia di Napoleone Bonaparte, il territorio di Albissola Marina rientrò dal 2 dicembre 1797 nel Dipartimento del Letimbro, con capoluogo Savona, all'interno della Repubblica Ligure. Dal 28 aprile del 1798 rientrò nel V cantone, come capoluogo, della Giurisdizione di Colombo e dal 1803 centro principale del I cantone di Savona nella Giurisdizione di Colombo. Annesso al Primo Impero francese dal 13 giugno 1805 al 1814 venne inserito nel Dipartimento di Montenotte.

 

Nel 1815 fu inglobato nel Regno di Sardegna, così come stabilì il Congresso di Vienna del 1814, e successivamente nel Regno d'Italia dal 1861. Dal 1859 al 1927 il territorio fu compreso nel I mandamento di Savona del circondario di Savona facente parte della provincia di Genova; nel 1927 anche il territorio comunale albissolese passò sotto la neo costituita provincia di Savona.

 

Il 26 ottobre del 2006 il Consiglio regionale della Liguria tramite votazione, che non ha ottenuto il quorum necessario dei due terzi dei consiglieri regionali, ha bocciato la proposta di indire un referendum per la fusione dei due comuni di Albisola Superiore e Albissola Marina. La proposta di unire in un'unica entità amministrativa fu presentata dal comitato Albinsieme nel 2003 dopo la raccolta di 5.385 firme. Se il referendum avesse avuto esito positivo il nuovo "Comune di Albissola" sarebbe diventato il terzo comune della provincia savonese per numero di abitanti e con una superficie territoriale di 32,22 km².

 

Dal 1973 al 31 dicembre 2008 ha fatto parte della Comunità montana del Giovo.